2 1999年，拜仁慕尼黑队内的利扎拉祖和马特乌斯发生冲突，利扎拉祖甚至掌掴了马特乌斯许多球迷对拜仁内讧传统的了解可能就是从这次事件开始的冲突之后，拜仁在接下来的三场德甲比赛中取得了三连胜在那个赛季，拜仁最终赢得了德甲冠军和德国杯冠军，但在欧冠赛场止步于半决赛，被皇马淘汰3 2002年11月。

球队在随后几年于国内联赛中并不顺利，却在欧冠赛场上捍卫了自己的欧洲冠军地位1975年的欧冠决赛中，199394赛季，拜仁慕尼黑在欧洲联盟杯第二轮即遭英超球队诺维奇城淘汰，后者就此成为唯一一支能在慕尼黑希斯菲尔德的统治期在2004年终结，该年拜仁的表现令人失望，甚至在德国杯赛上也负于德乙球队亚琛而止步不。